2008年6月20日，云南思普洱市思茅镇平原村民委员会第一小组（甲方）与普洱天银商业贸易有限公司（乙方）签订一份土地入股经营合同，约定将甲方的21.55亩土地入股给乙方投资建设经营，由乙方按双方确认的规划出资建盖，在合作开发40年期限内，地上建筑物、绿化、配套设施的使用权及处置权都归乙方所有。2010年8月10日，思茅镇平原村民委员会第一小组（甲方）、普洱天银商业贸易有限公司（乙方）、普洱市天为商贸有限公司（以下简称天为公司）（丙方）签订三方协议，甲方同意乙方的全部权利、义务转让给丙方。天为公司建成房产后对外出租，涉案房产没有办理产权登记。

2017年3月28日，云南省普洱市地方税务局稽查局（以下简称稽查局）对天为公司应缴地方各税费检查后，认定天为公司未进行纳税申报，少缴从租计征房产税209786.40元，作出《税务处理决定书》要求天为公司补缴税款和滞纳金，同时作出《税务行政处罚决定书》，决定对天为公司处少缴房产税税款50%的处罚决定。2017年7月21日云南省普洱市地方税务局受理天为公司复议申请后维持了稽查局的税务处理和处罚决定。天为公司不服复议决定，认为涉案房产产权人系思茅镇平原村民委员会第一小组，不应由天为公司缴纳房产税而应由产权人缴纳房产税，遂提起行政诉讼。一审法院认为因本案房产未办理产权登记，产权不确定，天为公司作为房产使用人是上述行政法规规定的纳税义务人，判决驳回天为公司的诉讼请求。

天为公司不服一审判决，上诉认为房产税的纳税义务人是产权所有人，涉案房产项目的建设批文、平原一组证明、不动产登记中心告知书等证据，均证明涉案房产的所有权为平原一组。且天为公司与平原一组签订的土地入股经营合同虽名为入股经营，但实为租赁合同，在40年的租赁期内，天为公司虽然对涉案房产享有使用权，但是这种使用权不是物权意义上的使用权，故天为公司不是房产税的纳税义务人。被上诉人稽查局、地税局认为，天为公司投资、建设、占有、使用、出租涉案房产，在房产未办理产权登记的情况下，理应由房产使用人缴纳房产税，故天为公司是本案适格的纳税义务人。

二审法院认为：关于房产税纳税主体问题是本案的争议焦点，产生争议的主要原因是上诉人、被上诉人对《中华人民共和国房产税暂行条例》第二条第一款的理解各不相同。房屋的产权指房屋的所有权，根据《中华人民共和国物权法》第九条第一款规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力。在平原一组与天为公司签订的合同中，虽然含有平原一组保留对涉案房屋的所有权等意思表示，但是由于没有办理房产登记，这一约定仅停留在合同层面的权利之上，没有变成物权意义上的不动产所有权，因此平原一组不能成为《中华人民共和国房产税暂行条例》第二条中规定的“产权所有人”。另外参照《国家税务总局关于房屋产权未确定如何征收房产税问题的批复》（大地税一转【1999】第16号）中关于“对于房屋开发公司售出的房屋，不再在其会计帐簿中记载及核算，而购买该房屋的单位未取得产权的，可按产权未确定，由使用人缴纳房产税”的批复规定，税务机关确定房产税纳税义务人，在房屋没有产权证的情况下，一般按“产权未确定”处理，由“使用人缴纳房产税”。据此，稽查局认定涉案房屋没有产权证，属于产权未确定的意见，于法有据。结合天为公司实际经营管理涉案房产，以公司名义对外出租房屋、收取租金等案件事实，税务机关按其收取租金的一定比例征收税款，有相应的事实依据。

1、“三产用地”开发中农村集体经济组织可以成为纳税义务人。

我国土地按性质可划分为全民所有制土地和集体所有制土地两大类，我们俗称的“三产用地”是政府为了解决城市内及周围农民的土地被征用后的就业及生活问题而留给农村集体组织用于发展第三产业的土地。“三产用地”虽然位于城市规划区域内，但它的性质是集体所有土地，目前除了集体土地建设租赁住房13个试点城市外，还不能自由交易用于房地产开发，只能通过出租或合建开发等方式获取收益。

由于对税法不了解，“三产用地”合作开发时不少村集体或者合作方认为农村集体组织既不是企业也不是营利性单位不用纳税，加之村集体财务制度不健全，一些村集体发生了应税行为却一直没有纳税，也让相当多的人错误的以为只要以村集体名义实施经营行为就不用纳税。其实不然，《民法典》第九十六条将集体经济组织定义为特别法人，可以独立承担民事权利义务。现行的《企业所得税法》、《增值税暂行条例》、《房产税暂行条例》、《城镇使用税暂行条例》等，均未将农村集体经济组织的应税行为列入不征税或免税范围。农业农村部按照中央《关于稳步推进农村集体产权制度改革的意见》的要求，从2018年起不断扩大试点范围，将在2021年底前基本完成全国各级农村集体经济组织赋予全国统一社会信用代码登记工作。规范登记后，农村集体经济组织不仅明晰了法人地位，还可以开设银行账户、从事经营管理活动，也为其依法纳税奠定了基础。

2、“三产用地”应税房产未进行不动产登记就由实际使用人缴纳房产税。

《房产税暂行条例》明确的纳税人有五类，分别是产权所有人、经营管理单位、承典人、房产代管人、使用人。房产税由产权所有人缴纳为原则，只有在产权所有人不可能实施房产税应税行为时，才由其他房产受益人缴纳。《民法典》第二百零九条规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力。本案二审法院裁判观点认为：合同中对房屋所有权归属的意思表示，由于没有办理房产登记，这一约定仅停留在合同层面的权利之上，没有变成物权意义上的不动产所有权。因此，“三产用地”合作开发时无论合同如何约定，不动产物权的确立均以登记为准。在房产税纳税义务发生时，纳税人就是不动产登记的权利人，只有在未办理不动产登记且不存在房产出典的情况下，才能由房产代管人或者使用人作为房产税纳税义务人。

国家税务总局《关于未取得房屋产权证书期间如何确定房产税纳税人的批复》（国税函[2002]284号）、《关于房屋产权未确定如何征收房产税问题的批复》（大地税一转【1999】第16号）等税收文件也进一步印证了税收行政法规确立的这一原则，即未取得产权证书期间，根据《房产税暂行条例》第二条中“房屋产权未确定的，由房产代管人或者使用人缴纳”的规定，应确定房屋的实际使用人为房产税的纳税义务人，缴纳房产税。

3、“三产用地”合作开发模式差异将产生不同房产税税负。

三产用地”合作开发中，无论商业形式如何变化，目前合法的经营模式无外乎两种，一是共担风险、共享收益的合作经模式；二是不承担经营风险、只收取固定收益的不动产租赁模式。国家税务总局在《关于安徽省若干房产税业务问题的批复》（国税函发[1993]368号）中明确：对于投资联营的房产，应根据投资联营的具体情况，在计征房产税时予以区别对待。对于以房产投资联营，投资者参与投资利润分红，共担风险的情况，按房产原值作为计税依据计征房产税；对于以房产投资，收取固定收入，不承担联营风险的情况，实际上是以联营名义取得房产的租金，应根据有关规定由出租方按租金收入计缴房产税。

按照《房产税暂行条例》的规定，房产税分为按房产余值计税和按租金收入计税两种。一是依据房产计税余值征税的，税率为1.2%。所谓房产的计税余值是指房产原值按照法律政策规定一次性减除一定比例的损耗价值以后的余额。一次性减除比例由各省、自治区、直辖市人民政府规定，其中地上建筑物减除比例为10%－30%，地下建筑物为原价的50—80%。二是依据房产租金收入征税的，税率为12%。租金收入包括货币收入和实物收入，对以劳务或其他形式作为报酬抵付房租收入的，应根据当地同类房屋确定租金标准，依率计征。

假设“三产用地”房产原值6000万，当地规定的减除比例为30%，出租年收益600万元。在合作开发过程中，如果选择共同经营模式，按房产原值减去扣除比例后余值的1.2%计算，即6000*（1-30%）*1.2%，每年缴纳房产税50.4万元；如果选择租赁不动产模式，按租金收入的12%计算，即600*13%，每年缴纳房产税72万元。

综上所述，“三产用地”合作开发过程中，只要该用地上的房产位于城镇规划区域内发生了房产税应税行为，农村集体经济组织也可能承担相应的纳税义务。如果“三产用地”上的房产尚未办理不动产登记证书，则房产税应由实际使用人来缴纳，同时，不同的经营模式还会产生不同的房产税税负。把握好“三产用地”合作经营中涉税事宜，并根据相应的商业模式事先进行税负测算，不仅有助于规范商业行为防范经营过程中的涉税风险，更有助于在商业谈判中掌握主动，通过合同安排实现利益最大化。